Со стороны органов кроветворения: угнетение кроветворения, лейкопения, нейтропения, лимфопения (особенно Т-лимфоциты), тромбоцитопения, панцитопения, агранулоцитоз, эозинофилия, лимфаденопатия, гипогаммаглобулинемия, развитие лимфопролиферативных заболеваний (в том числе обратимых), анемия, апластическая анемия.
Со стороны пищеварительной системы: анорексия, тошнота, рвота, стоматит, гингивит, глоссит, фарингит; энтерит, диарея, кровавая рвота, мелена, эрозивно-язвенные поражения и кровотечение из желудочно-кишечного тракта. При длительном ежедневном применении возможны гепатотоксичность, нарушение функции печени, острый гепатит, печеночная недостаточность, повышение активности «печеночных» трансаминаз, гипоальбуминемия, перипортальный фиброз и цирроз печени; некроз печени, жировая дистрофия печени; панкреатит.
Со стороны нервной системы: энцефалопатия, особенно при введении многократных доз интратекально, а также у больных, которые получали лучевую терапию на область черепа. Также имеются сообщения об изменении настроения, повышенной утомляемости, сонливости, бессоннице, слабости, раздраженности, депрессии, дизартрии, афазии, преходящей когнитивной дисфункции, спутанности сознания, извращении вкуса (металлический привкус во рту), менингизме, миастении, атаксии, треморе, судорогах, парестезии в конечностях и коме. Острые побочные явления, вызванные интратекальным введением метотрексата, могут включать головокружение, неясность зрения, головную боль, боли в области спины, ригидность мышц задней части шеи, судороги, паралич, гемипарез.
Со стороны мочевыделительной системы: цистит, изъязвление слизистой оболочки мочевого пузыря, дизурия, олигурия, анурия, азотемия, протеинурия, нарушение функции почек (повышение концентрации креатинина, гематурия), почечная недостаточность, тяжелая нефропатия.
Со стороны репродуктивной системы: изменение фертильности, процесса оогенеза, сперматогенеза, тератогенные эффекты, нарушение менструальной функции, вагинит, выделения из влагалища, гинекомастия, олигоспермия, импотенция.
Со стороны кожи и кожных придатков: кожный зуд, кожная эритема и/или сыпь, синдром Стивенса-Джонсона, алопеция, повышенная фоточувствительность, экхимозы, телеангиэктазии, фурункулез, депигментация или гиперпигментация, угри, шелушение кожи, эксфолиативный дерматит, образование волдырей, фолликулит, изъязвление кожи, токсический эпидермальный некролиз, некроз кожи.
Аллергические реакции: лихорадка, озноб, сыпь, крапивница, анафилаксия.
Со стороны органов чувств: конъюнктивит, избыточное слезотечение, катаракта, светобоязнь, корковая слепота (при высоких дозах), нарушение зрения.
Со стороны дыхательной системы: дыхательная недостаточность, альвеолит, плевральный выпот, интерстициальный пневмонит, фиброз легких, обострение легочных инфекций.
Со стороны сердечно-сосудистой системы: перикардит, перикардиальный выпот, снижение артериального давления, тромбоэмболия (в т.ч. артериальный тромбоз, тромбоз церебральных сосудов, тромбоз глубоких вен, тромбоз вен сетчатки, тромбофлебит, легочная эмболия).
Со стороны опорно-двигательного аппарата: артралгия, миалгия, остеопороз, остеонекроз, переломы.
Инфекции: оппортунистические инфекции (вплоть до летального исхода) - пневмония, цитомегаловирусная инфекция, сепсис, нокардиоз, гистоплазмоз, криптококкоз, опоясывающий лишай, инфекции, вызванные вирусом простого герпеса.
Местные реакции: при внутримышечном введении - ощущения жжения, повреждение тканей (асептический абсцесс, деструкция жировой ткани) в месте инъекции.
Прочие: иммуносупрессия (снижение устойчивости к инфекционным заболеваниям), ухудшение заживления ран, недомогание, гиперурикемия, васкулит, некроз мягких тканей, доброкачественные, злокачественные и неспецифические новообразования (включая кисты и полипы), сахарный диабет.