Гексамидин усиливает действие снотворных средств, производных сульфонилмочевины, циклофосфамида, метотрексата. Повышая активность микросомальных ферментов печени, он ускоряет биотрансформацию производных кумарина, эстрогенных контрацептивов, гризеофульвина, доксициклина. При одновременном назначении лекарств - стимуляторов микросомальных ферментов печени: фенобарбитала, карбамазепина, рифампицина, этанола (при хроническом употреблении) ускоряется метаболизм гексамидина и снижается его эффективность.