Одновременное применение пантопразола может уменьшить всасывание препаратов, биодоступность которых зависит от рН среды желудка (например, кетоконазол, соли железа, ритонавир). При совместном применении пантопразола с атазанавиром происходит снижение плазменных концентраций атазанавира и уменьшение его терапевтического эффекта. При проведении специфических тестов пантопразола с такими препаратами как дигоксин, нифедипин, метопролол, амоксициллин, кларитромицин, пероральные контрацептивы (левоноргестрел / этинилэстрадиол), диклофенак, феназон, напроксен, пироксикам, глибенкламид, левотироксин натрия, диазепам, карбамазепин, фенитоин, циклоспорин, такролимус, цизаприд, мидазолам, метронидазол, теофиллин, кофеин, этанол клинически значимого взаимодействия не обнаружено.
В постмаркетинговом периоде при одновременном применении с варфарином сообщалось о повышении МНО (международного нормализованного отношения), в связи с чем рекомендован контроль данного показателя.